W syntezie najbardziej aktywnego metabolitu witaminy D (1,25-dihydroksycholekalcyferolu) uczestniczą głównie trzy narządy: skóra, wątroba i nerki.
Organizm ludzki, oprócz możliwości pozyskiwania wit. D2 (ergokalcyferolu) i wit. D3 (cholekalcyferolu) ze źródeł pokarmowych, posiada możliwość samoistnego wytwarzania witaminy D3 poprzez syntezę skórną. Ta droga przemiany zaspokaja od 80% do 100% dziennego zapotrzebowania na tę witaminę, ale jest zależna od wielu czynników (czytaj więcej - Przyczyny niedoboru witaminy D).
Witaminy D2 i D3 dostarczone z pokarmem również podlegają dalszemu metabolizmowi w wątrobie i nerkach.